O acervo deste museu representa 5000 anos de história da Saúde e é constituído por inúmeras peças de diversas origens geográficas (Egipto, Roma, Mesopotâmia, etc), sendo de salientar, a reconstituição de quatro Farmácias, como por exemplo, uma Farmácia de Macau, assim como uma farmácia portátil do século XVIII e a farmácia portátil levada a bordo do Space Shuttle Endeavour na missão STS-97. Mostra também diversas máquinas e aparelhos utilizados pelas boticas no fabrico e armazenamento de medicamentos, como almofarizes, vasos de botica, frascos de farmácia de vidro, balanças, matrazes, farmácia portátil utilizada por Roald Amundsen na expedição ao Polo Norte em 1911, farmácia portátil usada por Carlos Sousa no Lisboa Dakar 2006, etc. Uma das peças mais raras em exposição é uma Pedra de Goa.